2022/09/22 / 公司活动及新闻
环状RNA的合成与功能
环状RNA的合成与功能
2022/09/22
环状RNA(circularRNA,circRNA)它是一种新型的内源非编号RNA(noncodingRNA,ncRNA),是继microRNA(miRNA)及其longnoncodingRNA(IncRNA)后非编号RNA具有研究潜力的家庭新成员。
越来越多的研究发现,越来越多的环状研究发现RNA它具有种类丰富、结构稳定、传统序列及其细胞或组织特异性等优点。近年来,随着RNA随着研究技术的进步,学者们在各种生物中看到了大量的环RNA,并发现它们具有重要的生物学功能,例如作为自然小RNA(miRNA)海绵和控制海绵体miRNA转录调控元件与转录调控元件融合或与蛋白质转录等。
研究发现,环状RNA它与糖尿病、神经内科疾病、心血管疾病和癌症有关,因此具有重要的研究价值。此外,环状RNA通用表达和疾病调节机制使其成为多种疾病功能的生物标识物和治疗目标。
最近,分子生物学和遗传学,丹麦奥胡斯大学(MBG)系LasseKristensen等科研人员NatureReviesGenetics杂志上发表的名称Thebiogenesis,biologyandcharacterizationofcircularRNAs综述。在这篇综述中,作者首先阐述了环状RNA生物阐述了环的生物生成和特性RNA鉴定方法,对其环状RNA详细总结了所涉及的生物学作用及其功能研究思路。
对环状RNA了解观念的转变
1976年,当Sanger首先,在植物病毒中,我们可以看到环状封闭的共价RNA,及其1979年Hsu根据电镜在HeLa当细胞质看到类似的环状转录本时,人们曾经认为它是环状的RNA只有错误的剪接产品,即垃圾DNA。直到1993年,Capel发觉小鼠Sry(**-determiningregionY)基因的环状RNA它可能在小鼠睾丸中发挥特殊作用,环状,这可能在小鼠睾丸中发挥特殊作用RNA只有这样,我们才能真正进入科学研究领域的视野,逐渐形成研究的焦点。特别是近年来,随着高通量测序和生物信息学分析技术的发展,环状分析技术得到了发展,环状分析技术得到了发展RNA探索已经上升到一个新的高点。
环状RNA的一般常识
一般来说,大多数环状RNA它是由一个或多个外显子组成的已知蛋白基因编码。RNA它主要是由头部到尾部的反向剪接方法引起的,但它是环形的RNA也会发现线形RNA选择性切割的一些基本特征,但有些是环形的RNA它还包括一些不会有线形的东西RNA内外显子序列。因为它不包含帽子结构和结构polyA尾巴,环状RNA细胞质中的关键定位。
但是一些不同来源的环RNA,例如外显子−内含子环状RNA(exon-introncircRNA,EIciRNA)只有内含子来源的环RNA(circularintronicRNA,ciRNA)它将被定位在细胞核上。可能是因为它们独特的环形结构,环形结构,RNA比线形RNA更稳定,这也是导致其耐核酸外切酶的溶解系统,最终可以实现环状RNA在某些特定细胞中积累。
一般来说,环状RNA表达水平很低。有趣的是,在神经发生的过程中,有许多环RNA上升,有些环RNA聚集在突触中。相比之下,环状RNA癌症和其他一些疾病可能会减少。这可能是因为这些疾病中的细胞增殖速度更快,环状增殖速度更快,环状增殖速度更快RNA没有达到稳定水平。到目前为止,环状RNA已被证明与糖尿病、神经内科疾病、心血管疾病、炎症和癌症等多种人类疾病有关。此外,还发现了环状RNA在衰老过程中会不断积累。
一环状RNA生物产生及特征
环状RNA的生物产生
环状RNA主要由前体RNA(pre-mRNA)根据可变切割加工。虽然反被称为选择性剪接,但它具有不同于线性选择性剪接的分子原理。目前,相关的环RNA生物生成体系尚未完全证明。
环状RNA它不仅取决于经典的剪接位点,还取决于经典的剪接系统。反向剪接信号和剪接体与经典剪接体RNA剪接相似,反向剪接与经典剪接相似RNA剪接有一定的竞争关系。pre-mRNA当事件处理缓慢减少时,新生的RNA能够以另一种方式推动反剪接。
例如,对果蝇细胞的研究发现,基于减少U2snRNP抑制性剪接可以显著提升环形RNA与线形RNA比率。此外,另一项研究还表明,成本剪接因素可以增加环状因素RNA水平。当多个因素耗尽时,可以观察到性效应,因此每个剪接因素都是环状的RNA在建立环节中发挥一定的作用。
反向剪接的假设通常是下游剪接点与上游剪接点反向连接形成的闭环闭环RNA分子。这主要基于反向重复元件(例如Alu元件之间的碱基对,RBPs的二聚或RBPs与侧翼内含子中的特殊基序融合,使下游剪接给出**点(SD)接受上游剪裁**点(SA)靠近,也就是说,内含子匹配通常被称为促进环化和RNA结合蛋白质促进环境循环。其次,外显子跳读产生的套索促进环境循环RNA一个形成的系统。此外,从分支结构中去除的内含索套也会带来环形RNA。
目前研究发现环状RNA建立由多个因素控制,包括异质性核糖核酸蛋白(hnRNPs)和SR蛋白质(即含有长反复丝氨酸和精氨酸残基的蛋白质)与反式剪接因子的结合。还有一些蛋白质或分子参与环RNA例如,ADAR(避免先天免疫系统激话功能双链RNA(dsRNA)非特异腺苷脱氨酶RNA结合将腺嘌呤核苷编写为次黄嘌呤核苷及其依赖性ATP的RNA解旋酶A(又称为DHX9)根据反向反复中间碱基配对抑制环状RNA生物产生。
还有一些蛋白质或分子可以促进环状RNA如长侧翼内含子、反向重复元件(如、Alu组件)和反式RNA融合蛋白(RBPs;比如RNA融合蛋白FUS,振动蛋白(HQK),NF90和NF110是白细胞介素增强子融合因素3的蛋白质,有利于反向剪接。此外,组蛋白和基因体的表观遗传变化会影响选择性剪接,也可能导致环状RNA生物学的直接关系。例如,最近的一项研究表明,生物学的直接关系。DNMT3B做为DNA甲基化保持重要的甲基转移酶,减少后发现环状RNA这些变化与相应线性寄主基因表达的变化无关。
环状RNA的特点
有关环状RNA这篇文章的特点环状RNA总结了亚细胞的定位和可靠性。
环状RNA亚细胞定位
就像上面提到的,大部分都是环状的RNA聚集在细胞质中,少数位于细胞核中。RNA是由ATP依赖感RNA解旋酶DDX39A(又称为RNA解旋酶URH49或URH49)和剪接体RNA解旋酶DDX39B(又称为DEAD盒蛋白UAP56或UAP56)从细胞核装运到细胞质。在人类细胞中,UAP56承担承担装运circRNA(>1,200个核苷酸)URH49装运稍短的circRNAs(400个核苷酸)RNA从细胞核到细胞质,不同的种群可能是环状的RNA长度的规定可能不同。
环状RNA的稳定
RNA闭环结构,不易被核酸外切酶降解,与线性结构相比RNA更为平稳。目前,对其降解系统了解不多。原始数据表明,带有降解系统的数据显示,m6A的环状RNA核糖核酸酶P复合体取决于一种YTH结构区家族蛋白2(YTHDF12)和热敏蛋白质(HRSP12)形式降解,病毒感染时呈环状RNA几乎全部经RNaseL降解。此外,miR-671可能与CDR1AS融合推动AGO2裂化环状RNA,同时,miR-7也可以通过征募miR-671推动对环状RNA降解,虽然目前对其可能的相关制度还不是很清楚。人类细胞的研究解释也将是通过环状的RNA导出活性物质也是一种消除系统。以最近的一些研究为例,研究人员发现ciRS-7和circHIPK3.外囊泡含量较高,但目前尚不清楚这是否会显著降低细胞水平上环状RNA含量。更有趣的是,小环形RNA积极通过囊泡介导,如ciRS-7可在细胞外囊泡中保存其环状特性,并在受体细胞中释放后充分发挥作用,这说明环状特性,RNA细胞间通信的导出可能非常重要。
目前,针对环状RNA经典的研究对策主要是去除核糖体,如核糖体,RNARibo-Zero技术捕捉capturesrRNA全基因组环RNA分析。但基因及其位点非特异环状RNA分析技术也有一定的缺点,这种方法只能识别环状RNA特殊反向连接区域的特殊反向连接区域(BSJ),但无法检测到内部法检测到。
同时,大多数检查都是环状的RNA所有的方法都将涉及逆转录及其PCR扩张会导致导致某些错误或偏见。此外,有时还要根据它来做。RNA酶R解决线形RNA,但是有些线形RNA因为二级结构可能是对的RNA酶R承受。本文对最近一些新的研究方法进行了分析和探讨。
环状RNA全基因组分析测序
用去核糖体RNAs(rRNAs)使用任何引物RNA-seq,是初期评定circRNA主流方法。该方法的优点是可以同时获得非编号和编码RNA表达信息,但这种方法必须进行深度测序才能获得足够的数据。因此,我们建议至少进行1000次。bp测序,以获得足够的读长,然后可以根据BSJs跨读区对环RNA进行准确的预测。
生物信息学
在生物信息测算层面,各种算法已经开发出来了RNA开展预测。CIRI2算法目前被认为是最好的单独算法,但研究发现,由于算法的设计问题,单独软件在某些方面往往有一定的局限性。建议同时使用两个或两个以上的软件进行圆形RNA的预测。
基因芯片
此外,含有反向剪接探头的芯片技术也可以作为RNA-seq技术的替代方式。第一个商业化的环形RNA芯片来自于Arraystar公司。其circRNA由来融入环状RNA最新的顶级文献,所有的研究,cicrRNA他们都经历了严格的实验验证,以便在不同的生理和病理环境中进行验证circRNA系统研究。
环状RNA位点特异性分析
取决于对BSJs基因组的位置是环状的RNA位点非特异检测适用于认证全基因组试验信息,或研究前环状检测RNA特点。许多常见的生物技术已被用于环状RNA测试,但是,每一种技术在这一领域都有自己的优缺点。作为认证环形RNA的金标准Northernblotting例如,该方法不需要翻转和增加过程,并可以对探针进行个性化设计。
但是需要很多RNA,而且耗时耗力,需要使用放射性标识探针。因此,我们更倾向于使用遮盖BSJ引物的差异RT-PCR检测环状RNA。必要时对环状RNA进行定量分析,一般也选择定量分析PCR(RT-qPCR)。但目前还没有商业化RT-qPCR因此,可能需要精心策划、改进和认证这些方法。在RT根据翻转增加形成的串联体会严重影响环节RT-qPCR对环状RNA精确定量。最近发生的数字PCR也许可以防止这个问题,同时对于一些比较难的样品,比如血液,可能会有更多的优势。Nature子刊LaboratoryInvestigation一项在线发布circRNA根据定量分析技术,NanoStringnCounter莹光条码标识检测技术完成circRNA肯定定量分析,该技术敏感性高,性能稳定,并具有一定的通量。
NanoStringnCounter两种探针长度为35-50nt,该设备可在标准升级后一次检测800个分子。该技术中的捕获探针具有生物素识别,报告探针具有四色荧光基团,可以通过不同的排列和组合方法完成。在测试过程中,将是一般的RNA与两种探针杂交,纯化,固定后扫描,得到表达量的结果。该技术可从福尔马林固定石蜡包埋试验中提取RNA因此,定量有望成为circRNA检测新金规范。
环状RNA的可视化
因为环状RNA此外,一些亚细胞的位置是多样化的,circRNA具有独特的亚细胞部位,可能是全新的亚细胞组成。因此,原位杂交技术。(ISH)广泛应用于对环状RNA检测与定位。一般来说,ISH探针要超越BSJ,易于清晰识别circRNA哪些组织表达得很高,作为判断组织特征的依据。此外,为了提高,为了提高。ISH技术还可以对多固定样品进行蛋白酶K和RNA酶R预处理。
小影响RNA(siRNA)介导的circRNA或mRNA对比样品的敲除适用于对试品中非特异性结合的估计。BaseScope该技术和试剂盒采用了改进的探针专利技术,可以在抑制环境噪声的同时产生更强的信号,并用单分子检测敏感性来检测特定的特殊性RNA位点。另一种是特殊环状。RNA显像和跟踪方法采用催化死亡的方法Cas13a(之前称为C2c2)荧光蛋白(如绿色荧光蛋白)(EGFP))该方法与结合技术相似CRISPRCas9在基因工程中的应用,死亡Cas13a对目标RNA88保持着很高的感染力,所以可以作为一种基于导向的RNA的可编RBP,但这种方法也有一定的局限性。
三环状RNA功能的
大量的研究发现circRNA在生物生长发育、胁迫回应、疾病的产生和发展等方面密切相关,并预测其疾病诊断标记物的应用前景,但其生物功能在一定程度上仍不清楚。目前的认可度很高circRNA生物学功能主要包括环状RNA做为miRNAsponge,单独环状RNA控制蛋白结合,环状RNA与蛋白质相互影响的协同作用和编号作用,本文从以上几个方面对环状RNA介绍功能。
单独环状RNA做为miRNAsponge
近年来的研究发现,环状RNA分子含有microRNA(miRNA)融合点在细胞中具有miRNA海棉(miRNAsponge)消除功效miRNA而对靶基因的抑制作用,提高靶基因的表达水平,这种作用机制被称为竞争内源RNA(ceRNA)系统。研究发现,有许多具有高度丰富竞争融合位点的环形RNA更有可能有竞争的内源RNA例如,在许多组织中,特别是在大脑中,都有高度稳定的表达ciRS-7带有超出70个miR-根据7的融合位点AGO2蛋白完成竞争吸收miR-从而控制靶基因。
研究表明ciRS-7敲除小鼠中miR-7水平明显降低,但其他研究表明,ciRS-7表述与miR-7表达成反比。有趣的是,在这里,有趣的是,在这里,在这里。ciRS-7敲除小鼠miR-7靶基因Fos在早期阶段,基因会上升,而且,ciRS-7敲除小鼠表现出与神经精神疾病有关的行为表现。值得注意的是,虽然有些是环状的,但RNA有miRNAsponge它们的特征,但它们所包含的融合位点低于预期。
环状RNA也可能诱发细胞分化,如circZNF91,它跟ciRS-7有多个和miRNA的融合位点(circZNF91包括与miR-23b-3p结合的24个融合点)。但一些肿瘤领域的研究表明,单状RNA可能有多个miRNA集成点,而不仅仅是与特殊点相结合miRNA多个位点的组合。有一种假设认为,分化细胞中较高水平的环状RNA也许有很多miRNA协同效应,但这一假设尚未得到实验证。
单独环状RNA做为蛋白sponge调节蛋白质融合
有些环状RNA上面有一个或多个RNA蛋白质的融合点可以作为蛋白质分子的海绵体。第一个例子来自黑腹黑腹果蝇的编号。mbl蛋白基因的研究。MBL能促进circMbl生成,生成circMbl上面有非特异的MBL融合点MBL高表达时,会推动circMbl其形成抑制了线形转录本的表达;circMbl会和过量的MBL整合使其成分稳定。因此,可能有一个自调节电路,其中过多的电路。mbl或MBNL1根据推动环状RNA生物的产生减少了自身mRNA形成,环状RNA通过与mbl或MBNL1连接推动基因的线性剪接。
还有一些环RNA它能与蛋白质相互影响,抑制翻译过程,如circPABPN1通过人直肠癌HeLa细胞s93中与RBPhu抗原R(HUR)保护,抑制核多聚(A)融合蛋白1(PABPN1)mRNA的翻译;circANRIL通过与pescadillo同宗物1(PES1)融合,抑制rRNA预处理和核糖体生物。
另一项研究描述了环状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状状RNA能够与核cGAS融合阻止它与自己DNA融合。还有一些环RNA,如circ-Amotl1和circFOXO3可作为蛋白质支架,促进酶和底物的共域化。CircFoxo3上同时存在MDM2(mousedouble-minute2)和p53融合点,circFoxo3能促进MDM2诱发的p53泛素化,造成p53蛋白的整体溶解。最后,环状RNA特定的蛋白质可以征集到特定的细胞部位,如来自特定细胞的蛋白质FLI1基因的环状RNA(FECR1),可非特异地与FLI1启动子区融合,征集去羟基酶TET1诱发该区域的去甲基化。
环状RNA与蛋白质相互影响的协同效应
细胞质中有多个环RNA与特殊蛋白质的合作融合可能形成蛋白质分子库,对细胞外形成蛋白质分子库**快速反应。这样适合在病毒感染时使免疫反应迅速,以便使免疫反应迅速。NF90/NF以110为例,他在细胞质中更容易与环状RNA分子融合,因为环RNA分子稳定的特性导致分子稳定NF90/NF分子水平总计110。和这类一样,还有很多内源环状RNA充分发挥抗病毒反应。
有的circRNAs与免疫反应有关,外源性环状RNA受体可以通过激话模式识别RIG-I**哺乳动物细胞的免疫信号。之前的研究发现,细胞区分内源性和外源性环状RNA能力取决于环rna侧面的内含子序列和剪接系统,但最近的研究发现,这一矛盾的结论是外源环状RNA不激话细胞RNA感应器,如toll样受体和RIG-I。综述认为,在之前的研究中,应用程序RNaseR形成的circRNA制剂中的残渣可能被激活RNA传感器,因为是线性的,即使是一点污染dsRNA(其中一些可能含有三磷酸化dsRNA)还能激发强烈的细胞免疫反应。
环状RNA的编号作用
因为circRNAs没有5个帽子,它的翻译是单独的。有些人。circRNAs内核糖体进入位点(IRES)或者在五个未翻译的地区(UTR)添加m6ARNA翻译装饰后的方法。虽然目前有成千上万的环形RNA预测包括一个假设的开放阅读框(ORF)和一个上游IRES,但真正能作为蛋白质编号模板的,只有circ-ZNF609,circMbl,circFBXW7,circPINTexon2和circ-SHPRH,肽段的功能还不清楚。
FBXW-185aa,PINT87aa和SHPRH-146aa作为人胶质母细胞瘤的肿瘤抑制因素。其他环状细胞瘤。RNA编号产品也可作为避免蛋白质溶解的保护膜,如SHPRH-146aa可维护总长E3泛素蛋白连接酶SHPRH蛋白不被DTL泛素化并溶解RNA衍化肽也可以在不同的条件下表达,在细胞压力或典型蛋白质差异细胞间距中充分发挥作用,然后作为细胞中的控制蛋白质物质。
四研究环状RNA功能策略
类似线形RNA还有其他非编号RNA,研究人员试图通过试验控制环状RNA表达水平和表现相互影响表明环状RNA功能。但是研究环状。RNA有一定的难度,因为环状RNA可能会影响同一点线性转录本的研究。本文研究了环状转录本。RNA讨论了一些特征研究方法。
研究环状RNA-miRNA相互影响的方法
证实环状RNA做为miRNA海棉的功能是具有挑战性的。RNA有假设miRNA融合点不一定代表环状RNA抑制这种miRNA。首先,可能需要考虑海棉miRNA整合位点和目标mRNA化学计量之间的关联;同时,环形RNA必须有多大的竞争力miRNA融合位点。Argonaute-交联免疫沉淀或Argonaute免疫沉淀常用于确认环状RNA是否有真的miRNA海棉的功效。但是,这种方法的缺点是无法区分线形或环形RNA。因此,必须采用独特的引物设计RT-qPCR量化。此外,单一的集成不能表明环状RNA就是miRNA海棉,同时也要确认海棉,同时也要确认Ago-环状RNA关联就是跟随miRNA表达水平发生变化。
研究环状RNA-蛋白质相互影响的方法
评定环状RNA蛋白质相互影响的方法是基于环RNA(以RNA以中心为中心)或蛋白质(以蛋白质为中心)的分离,然后分析分离成分的相互影响。以此为中心。RNA在为中心的方法中,RNA反义提纯,RBPs综合鉴定或RNA目标捕捉杂交分析等技术,利用反义探头从细胞裂解液中提取环状RNA以及相关蛋白质RNA相关蛋白质可以通过低通量(如相关蛋白质)westernblot)或高通量方法(如质谱分析)进行分析。在以蛋白质为中心的方法中,免疫共沉淀可以采用与蛋白质相互影响的抗原和环形抗原RNA特殊于位点或高通量方法(如RNA-seq)分析。根据交联免疫沉淀使用。(CLIP)方法在环状RNA准确的蛋白质结合点必须在免疫沉淀前有效去除RNA。
研究环状RNA翻译的方法
大部分环状RNA它是由编号蛋白质的基因产生的,环RNA中假设的ORF与相应mRNA典型的序列ORF经常重叠。因此,只有,只有,BSJ下游序列和假设的终止密码子之前的序列可以用来澄清蛋白质来自线性转录本或环状转录本。因此,评估环状RNA是否可以用荧光素酶报告基因测量ORF类似功能的IRES部件,及依据对m6A甲基化的解释。此外,超越,超越。BSJ的环状RNA非特异肽段最好采用质谱法检测。此外,一些新的探索方法也可以是环状的RNA的ORF在终止密码子之前插入蛋白质标记,有利于后续的蛋白质评估或细胞定位。还有多聚体分析或核糖体可以作为研究环RNA翻译方法。
RNAi敲低环状RNA的方法
认证目的环RNA功能,可用RN合理沉默或抑制环状RNA表达,即由siRNA/shRNA与环状RNA融合并溶解。对于环状。RNABSJ的siRNAs环状转录本一般合理且不特别强,应用化学修饰siRNAs,如果锁住核酸并打开核酸,可以提高敲除效率或减少脱靶效果。但对于它。BSJ设计空间有限,使用有限,passengerdisabledsiRNA也许效果更好siRNAs它取决于高转染效率,并具有瞬时转染的特点。相比之下,选择选择,选择选择,选择选择选择,选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择的选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择选择shRNAs或是AgoshRNAs可以更稳定地降低环状RNA。
敲除环状RNA的方法
因为大多数环状RNA来自编号蛋白质的寄主基因,使环状蛋白质RNA非特异性敲除更为复杂。即使是没有注释寄主基因的环状RNA,如ciRS-7、敲掉环状RNA也要小心ciRS-7没有已知的线性寄主基因,所以根据去除引起的环状寄主基因RNA外显子,形成一个外显子,ciRS-7敲除小鼠模型。然而,最近的解释评估了一种和一种和一种。ciRS-7同源的线形RNA,并说明在ciRS-7敲除模型中的线形RNA稳定水平提高。这一发现提出了一个问题,ciRS-敲除小鼠的表型是因为7敲除了小鼠的表型ciRS-丢失或线形RNA表达提升所致。
过表达环状RNA的方法
根据内源外显子环化原理,构建环RNA通过表达载体,研究侧翼内含子序列、蛋白质因素等对环化的促进或抑制作用,可以探索环形RNA功能。互补序列可以出现在重复元件中,如Alu该组件可以通过获得上游内含子的区域(>30核苷酸),并将其反向插入循环外显子的下游来建立互补序列。另一个有利于质粒表示环RNA转录本的方法是使用特殊的转录本RBPs侧翼内含子中包含的融合域,以促进循环。
最后,根据迁移情况RNA剪接机制的方法可以实现环状RNA表达过RNA表达载体包括可环化显子和具有反向互补序列的侧翼内含子,以促进环化剪接,其转染到细胞中可积极促进环形。然而,这种方法通常会导致环形RNA任意插入表达点可能会影响其他基因。另外需要注意的是,线性转录本和循环串联体一般是一起产生的,所产生的线性和环性转录本的总数要进行测试和评估,数据要仔细表达。
五结语
环状RNA研究领域的最新消息已经揭露了环状RNA生物发生和生物学的主要内容,但了解这些分子在健康组织和疾病中的控制和功能仍然需要进行更深入的研究。在特定的细胞类型或亚克隆中明确时间和空间基因表达,特别是在单细胞水平上,将有助于这项工作。目前,单细胞RNA-seq仅用于两项研究中的环状检验RNA,但未来可能会更多地用于环状RNA生物学研究。
另一项有前途的技术是基于数字空间截面的NanoString科技的一个名字GeoMx数字空间截面仪平台适用于福尔马林固定石蜡包埋组织玻片上定义区域的蛋白质或mRNA进行高度重用和空间分析的数字分析。未来,我们希望该技术能应用于环状RNA量化。最后,,,OxfordNanoporeMinION该技术已被用于环状RNA增加测序,有望在不久的将来用于全基因组的环状测序RNA测序,该技术可以提供非常长的读序,因此可以处理内部剪接模式的问题。
对环状RNA探索给我们带来了许多令人惊讶的发现,这意味着圆形RNA它在生物学和病理生物学中具有重要意义。RNA-seq在不同的组织和疾病中已经看到了成千上万种环状环状RNA,但大多数都没有得到其他技术的认证或功能研究。本综述中描述的技术可能会促进技术的发展。RNA-seq合理认证数据,有利于揭露环状RNA生物学的新水平。