一、碱裂解法碱裂解法制备量小DNA更好的方法。基本原理是利用质粒小、超螺旋共价闭合环状分子的特点，与染色体相结合DNA拓扑分离的差异很大。

即在碱性pH（12～12.5）下，DNA线性染色体分子均变性，恢复中性DNA由于两条链分离，基因组分子量大，单条链相互缠绕不规则，复性不准确，与其他成分沉淀，质粒DNA小分子和两个闭环分子即使变性也紧密缠绕在一起，准确复性，留在上清溶液中。

碱裂解质粒分离的主要步骤∶细菌培养、细菌收集和裂解、质粒DNA分离纯化。

(1)细菌培养选择活化的单菌落接种到含有适量抗生素的培养基中，质粒DNA随着细菌的生长独立复制。氯霉素抑制宿主蛋白的合成和染色体可以添加到对数生长的后期。DNA复制使质粒大量扩大。

(2)对数生长后期收集细菌的收集和裂解，离心收集的沉淀需要生理盐水或STE悬浮，冲洗残留的培养基。NaOH-SDS裂解，SDS具有变性蛋白的作用，促进细胞壁裂解。

（3）质粒DNA恢复中性后，染色体的分离和纯化使其在高盐下存在DNA与细胞碎片和蛋白质交联成不溶性网状结构SDS沉淀在作用下形成。离心去除。然后用酚/氯仿法纯化。

二、沸腾法采用加热处理DNA线性染色体用于溶液DNA易变性，共价闭环质粒DNA其自然构象在冷却时恢复，变性染色体DNA片段与变性蛋白质和细胞碎片结合形成沉淀，复性超螺旋颗粒DNA通过高速离心(1在于液相中，通过高速离心(1.2万×g）将两者分开。

然后可用5%CTAB选择性沉淀DNA，进一步用乙醇洗涤、沉淀、储存TE缓冲液中。适用于快速提取质粒DNA并进行鉴定，也适用于大量提取，对纯度要求高，可进一步纯化。